La primera referència documental de Cornudella, és l'esment que en fa el Comte Ramon Berenguer IV, posterior a la reconquesta de Siurana (principis del segle XII). A principis del segle XIII s'hi detectà la presència de càtars; en aquests temps l'església era situada a l'actual Plaça de la Vila. Cornudella degué ser integrada a la Baronia d'Entença, pertanyent des de la seva creació el 1324 al Comtat de Prades. Al segle XV, es construí una nova església (al mateix lloc que l'actual), a la qual s'afegí el campanar l'any 1500. El 1523 el poble votà la festa de Sant Sebastià i Sant Fabià en lliurar-se de la pesta.

El 1812 el poble fou saquejat pels francesos. Al segle XIX, la guerra del Malcontents i la Carlina incidiren de ple a Cornudella. El 1875 l'església fou convertida en un fortí. A principis del segle XX, Cornudella actuava com a capital d'una petita comarca. El 1819 Cornudella tenia 314 habitants, actualment en té 852.